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Notions de base sur l'immunité innée
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Les notions de base d'un système informatiqueQCM de thermo 2 (notions de base)Les notions de droitChap 4 Les notions de « processus » et « procédures »Dès le début de vos recherches, vous allez collecter, produire et exploiter des données. La gestion des données (Research Data Management - RDM) fait partie du processus de recherche. Elle concerne l'ensemble des opérations de collecte, description, stockage, traitement, analyse, archivage et mise en accès des données. (extrait de : Passeport pour la Science Ouverte. Guide pratique pour les doctorants ) "La science ouverte est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et – autant que possible – aux données de la recherche. "Les données de la recherche sont la matière première de la connaissance. Les partager, c'est ouvrir de nouvelles perspectives scientifiques" Source : Plan national pour la Science ouverte - Ministère ESR - Juillet 2018 Source image : https://bibliotheques.univ-tlse3.fr/file/composantes-science-ouverte Cette page est une introduction à la gestion des données de recherche. Elle présente quelques concepts et étapes clés pour vous engager dans cette démarche. Consultez les liens pour approfondir vos connaissances. • What are data ? Définition des données de recherche de l’OCDE (2007) « Enregistrements factuels (chiffres, textes, images, sons) utilisés comme source principale pour la recherche scientifique et généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche. Un ensemble de données de recherche constitue une représentation systématique et partielle du sujet faisant l’objet de la recherche ». Exemples • les images d’une ville préhistorique deviennent des données pour un chercheur qui étudie l’histoire de cette ville; • les « données » d’un linguiste peuvent être des écrits ou des discours, des enregistrements de locuteurs ; • les « données » d’un médiéviste sont des sources archivistiques, archéologiques, épigraphiques, iconographiques, littéraires ; • les « données » d’un géologue rassemblent des coupes et observations de terrain consignées sur un carnet, des résultats de carottage, des analyses d’échantillons, des données sismographiques… • • Pourquoi partager ses données ? "La science ouverte vise à construire un écosystème dans lequel la science est plus cumulative, plus fortement étayée par des données, plus transparente, plus rapide et d’accès plus universel.La science ouverte favorise également les avancées scientifiques, particulièrement les avancées imprévues, ainsi que l’innovation, les progrès économiques et sociaux, en France, dans les pays développés et dans les pays en développement. Enfin, la science ouverte constitue un levier pour l’intégrité scientifique et favorise la confiance des citoyens dans la science. Elle constitue un progrès scientifique et un progrès de société." Source : Plan national pour la Science Ouverte (2018) Les enjeux de l'Open Data • enjeux patrimoniaux o preuve et mémoire (éviter les pertes de données) • enjeux économiques o valeur économique de la donnée o réutilisation gratuite ou payante des données, exploitation des résultats de recherches antérieures (éviter de refaire ce qui a déjà été validé), o accélération de l'innovation et le retour sur investissement dans la R&D • enjeux scientifiques o de "hypothesis-driven" à "data-driven" o plus de visibilité pour le scientifique • enjeux sociétaux o participation des citoyens et de la société civile : "Citizen science" o confiance en la recherche Pour aller plus loin • Site Doranum : https://doranum.fr/enjeux-benefices/fiche-synthetique/ • Adopter de bonnes pratiques tout au long du cycle de vie des données De bonnes pratiques de gestion à toutes les étapes du cycle de vie de la donnée sont un préalable indispensable à l’ouverture des données et à leur réutilisation. • Rechercher des données Pour identifier des jeux de données (datasets) pertinents pour votre thèse, des outils de recherche sont disponibles. Suivez ces liens pour les découvrir : • Site Doranum : https://doranum.fr/acces-visualisation/rechercher-donnees/ • Site DataCC - Vos besoins, trouver des données : https://www.datacc.org/vos-besoins/trouver-des-donnees/ • Fiche CoopIST : Trouver des jeux de données via des bases pluridisciplinaires et des moteurs de recherche Pensez-aussi à consulter l'entrepôt institutionnel Data INRAE Page de présentation du portail • Choisir les bons formats et bien organiser vos données Choisir des formats de fichier : https://www6.inrae.fr/datapartage/Gerer/Choisir-des-formats-de-fichier Nommer et organiser vos fichiers de données : https://www6.inrae.fr/datapartage/Gerer/Nommer-et-organiser-ses-fichiers-de-donnees Pour aller plus loin • Jaouen, G.- Gérer ses données. Pourquoi, Comment ? Séminaire - Guadeloupe, du 25 au 27 Novembre 2019 – CRAG INRA • Bien décrire et documenter ses données La description d’un jeu de données se fait à l’aide de métadonnées (*) qui doivent apporter suffisamment d'éléments (sur la collecte des données, les unités de mesure employées...) pour chercher et trouver le jeu de données, juger de sa qualité/fiabilité, et pouvoir le comprendre ou le réutiliser dans un autre contexte. (*) Définition des métadonnées : Ensemble d’informations structurées qui décrit, explicite, localise une ressource informationnelle, dans le but d’en faciliter la recherche, l’usage, et la gestion. Source : NISO. Understanding Metadata. 2004. Quelques liens utiles : • Site Doranum : https://doranum.fr/metadonnees-standards-formats/ • DataCC : https://www.datacc.org/vos-besoins/documenter-ses-donnees/metadonnees/ • Site DataPartage INRAE : https://www6.inrae.fr/datapartage/Gerer/Documenter-les-donnees En complément des métadonnées, la rédaction d'un fichier READ ME.txt est également recommandée. • Stocker, sécuriser, préserver ses données Bien différencier les notions de stockage et d'archivage. Anticiper pour déterminer les données à éliminer et celles qui doivent être préservées à long terme. • Dans l'environnement INRAE : https://www6.inrae.fr/datapartage/Gerer/Stocker-les-donnees • Site Doranum : https://doranum.fr/stockage-archivage/ • Site DataCC : https://www.datacc.org/vos-besoins/conserver-ses-donnees/ • Partager, ne pas partager ses données ? Dans le cadre de la Science Ouverte, il y a de plus en plus d'incitations voire d'exigences pour rendre accessibles les données, en particulier les données liées aux publications : • de l'édition scientifique : de plus en plus de revues adoptent une "data policy" (à consulter dans les instructions aux auteurs) et exigent des auteurs qu'ils fournissent les données associées aux publications, • des organismes de financement (ANR, Commission Européenne ...), • des politiques nationale (Plan national pour la Science ouverte - Ministère ESR - Juillet 2018) et institutionnelle. Mais attention, toutes les données ne sont pas partageables : assurez-vous que vos données sont bien diffusables au regard du droit et des conditions d'exercice de votre thèse et de son mode de financement (se reporter à votre contrat de thèse). Les données produites dans les organismes de recherche publics sont communicables à tous si elles n'entrent pas dans le cadre d'exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.) Liens utiles : • sur le site Data Partage, la page Partager-Publier ou la page : "Données de la recherche : qui a les droits, qui doit partager ?" • le site INRAE dédié à la protection des données personnelles et l'application du RGPD (Règlement général sur la protection des données) : https://intranet.inrae.fr/cil-dpo • Valoriser ses données Voici les principales voies de diffusion • Partager ses données en les déposant dans un entrepôt Choisir un entrepôt Déposer dans Data INRAE Partager ses données comme matériel supplémentaire d'un article (à la demande de l'éditeur) Publier un Data Paper (article de données) : la meilleure voie en terme de visibilité des données, et pour faciliter leur réutilisation. Pour aller plus loin • Site Doranum o Dépôts et entrepôts. Comment et où déposer mes données ? o Data papers et Data journals. Comment publier mes données comme un article scientifique ? • Site DataCC o Valoriser ses données • Site CoopIST o Déposer des données de recherche dans un entrepôt o Rédiger et publier un data paper dans une revue scientifique A télécharger : Synthèse du processus de rédaction d'un article avec des données associées • Pourquoi ne pas rédiger un plan de gestion de données (PGD) pour votre thèse ? La thèse peut être assimilée à un projet et certaines universités au Royaume Uni, aux Pays-Bas et plus récemment en France préconisent la rédaction d'un plan de gestion associé à la thèse. Le PGD (ou DMP = Data Management Plan) est un outil de planification qui peut vous aider à anticiper et bien gérer toutes les étapes du cycle de vie de vos données, à limiter les risques de perte ou corruption de données, à adopter de bonnes pratiques de gestion, pour in fine produire des données respectueuses des principes FAIR, adoptés aujourd'hui par l'ensemble des acteurs de la recherche. Il est désormais exigé par la plupart des financeurs de la recherche (Commission Européenne et ANR ...) dans le cadre de projets financés. Rédiger un PGD pour votre thèse, peut être un bon exercice pour vous préparer à la future rédaction de réponses à des appels d'offre. Comment faire en pratique ? • Site DataPartage : Pourquoi et comment rédiger un plan de gestion de données ? • Site Doranum : https://doranum.fr/plan-gestion-donnees-dmp/, La minute vidéo PGD • Site DataCC : https://www.datacc.org/bonnes-pratiques/adopter-un-plan-de-gestion-des-donnees/ • Suivre une classe virtuelle INRAE : Open Class "Rédaction d'un PGD" • Produire des données FAIR ! Favoriser la production de données FAIR (Findable - Accessible - Interoperable - Reusable) est aujourd'hui un objectif soutenu par l'ensemble des acteurs de la recherche. Source : https://open-science-training-handbook.gitbook.io/book/ Si vous suivez les conseils et recommandations de cette page, vous avez toutes les chances d'avoir produit des données de qualité. Si vous préférez une version illustrée : "Pensez FAIR" - https://datapartage.inrae.fr/Gerer/Cycle-de-la-donnee Affiche cycle de vie des données réalisée dans le cadre des Missions QualiNous & RGPD, INRAE-ACT Vous pouvez tester le niveau de "Fairification" de vos données grâce à ces outils : ARDC : https://ardc.edu.au/resources/working-with-data/fair-data/fair-self-assessment-tool • D'autres ressources pour se former ou s'autoformer En interne INRAE • Formation à la science ouverte OSCAR - Module "Gestion et partage des données" • Le site "Gestion et partage des données" • Des classes virtuelles d'environ 2h (Open Class) sont régulièrement proposées sur : o la rédaction des plans de gestion de données, o le dépôt et la description d'un jeu de données dans Data INRAE, o la rédaction et la publication de data papers, Sites externes • Le site DORANUM (Données de la Recherche : Apprentissage NUMérique à la gestion et au partage) propose un dispositif de formation à distance intégrant de nombreuses ressources d’auto-formation déclinées sur différents supports (textes, infographies, vidéos) et sur 9 thématiques. o Parcours interactif sur la gestion des données de la recherche (2020) o • Le site DataCC. Accompagnement à la gestion des données de recherche en physique et en chimie : https://www.datacc.org/ o Data Stories : https://www.datacc.org/reseau-datacc/data-stories/ o • Le dossier "Open Access & Open Data" réalisé par l'Ecole des Ponts - ParisTech • • The Open Science Training Handbook : https://www.ouvrirlascience.fr/the-open-science-training-handbook/Chimie organique : Notions fondamentales de chimie organiqueDefinitions de quelques notionsLe vieillissement est l’ensemble des processus physiologiques et psychologiques qui modifient la structure et les fonctions de l’organisme à partir de l’âge mûr. Il résulte des effets combinés de facteurs génétiques et environnementaux auxquels est soumis l’organisme tout au long de sa vie. Il s’agit d’un processus lent et progressif qui est la conséquence de l’action du temps sur les fonctions de l’organisme. La sénescence est le processus de vieillissement biologique, la suite des changements irréversibles dans un organisme qui conduisent à la mort. Ce processus physiologique débute après la phase de maturité et se traduit par la dégradation progressive et inéluctable des fonctions vitales : reproduction, motricité, système immunitaire, etc. La sénilité est la détérioration pathologique (liée à une maladie) des facultés physiques et mentales d’un individu âgé. Il existe trois modalités différentes de vieillissement : le vieillissement réussi, avec une absence ou une atteinte minime des fonctions physiologiques et une absence de pathologies ; le vieillissement habituel, avec des atteintes considérées comme physiologiques, liées à l’âge, de certaines fonctions, mais sans pathologies invalidantes ; le vieillissement pathologique lié à des maladies sévères évolutives ou compliquées et responsable le plus souvent d’une dépendance importante. À ces trois notions, il est important d’ajouter la notion de fragilité qui correspond à un état d’équilibre précaire avec l’impossibilité de répondre de façon adaptée à un stress qu’il soit médical, psychologique ou social. Après 65 ans, 10 à 20% des personnes peuvent être considérées comme fragiles et jusqu’à 50% après 85 ans. Il s’agit de personnes à haut risque d’hospitalisation, d’institutionnalisation et de décès. Les psychologues décrivent 5 grands types de personnalité liés au vieillissement, plus ou moins présents chez chacun : le mature est actif, tolérant et il s’adapte parfaitement à son évolution ; le pantouflard est passif, indulgent envers lui-même et il utilise son âge pour valoriser son inactivité ; le blindé est mentalement rigide, il a peur de la déchéance et s’enferme dans ses souvenirs de jeunesse ; le mécontent est amer, intolérant et pessimiste, anxieux face à la mort ; il en veut au monde entier de son état et de ses échecs ; le déprécié est dépressif, insatisfait de sa vie, sans estime de soi et envahi de regrets sur le passé ; il envisage la mort comme une délivrance ou une finalité. La solitude a un effet important sur la santé. Si nous comparons des personnes âgées qui conservent un vaste réseau de relations sociales à d’autres qui sont isolées, ces dernières auraient un risque supérieur de mort prématurée. Parler et échanger avec les autres est essentiel au bien-être. Stimuler la mémoire d’une personne âgée lui permettra de conserver son autonomie et de retarder la dépendance. Pour rester en forme, le cerveau doit travailler de manière complète. Plusieurs activités peuvent donc permettre à la personne dépendante de garder une bonne mémoire le plus longtemps possible : tenir un agenda, rédiger un journal, jouer à des jeux ou encore pratiquer des activités de création. Pour stimuler l’activité sociale d’une personne âgée, faire des rencontres est le meilleur moyen de rester en forme : rencontrer des personnes, poursuivre les activités qu’on aime, se servir du téléphone et même d’internet si possible. Il y a des personnes âgées qui ne parlent à personne pendant des semaines. Pour d’autres, le contact se limite aux relations avec les caissières des supermarchés. Avec l’âge, certains de nos aînés sont murés dans le silence. Pas par choix. Mais parce que les liens familiaux se sont distendus ou n’existent plus. Ils se retrouvent alors seuls, sans échange, sans partage et sans affection. Un des grands défis à relever pour l’avenir est la lutte contre la solitude des personnes âgées. Il faut savoir que la solitude est désormais considérée comme un facteur de risque de la maladie d’Alzheimer. Lutter contre la solitude, c’est prévenir l’exclusion, la pauvreté et la perte d’autonomie. Quel est le secret pour préserver son corps malgré les années ? Un peu d’activité physique et des repas équilibrés ! Pour lutter contre l’apparition des rides ou la chute des cheveux et conserver ses capacités physiques et cognitives, mieux vaut surveiller son assiette. Inutile d’aller chercher des produits miracles pour rester jeune : il faut commencer par manger mieux! Car en fonction des aliments qu’on choisit, on préserve son capital santé et on garde la forme durant de longues années. Les problèmes alimentaires spécifiques au vieillissement apparaissent à des âges variables et sont beaucoup plus marqués après 85 ans. Une bonne nutrition a un rôle de prévention de mieux en mieux connu sur les pathologies liées à l’âge. Un bon régime pour un senior comprend beaucoup de fruits et de légumes, du pain, du riz, des pâtes et des fibres. Il ne faut pas oublier le poisson, surtout le thon, le saumon et les sardines, et limiter les viandes rouges, en préférant le poulet, la dinde ou le lapin. Il faut aussi réduire le sel et le sucre, et tous les aliments riches en graisses comme les frites, les fritures ou les gâteaux. L’eau est très importante, mais on peut aussi boire du thé, des jus de fruits sans sucre ou du lait écrémé ou demi – écrémé. Il faut aussi de la vitamine D pour garder les os en bonne santé. On peut la trouver dans le poisson, la margarine et les céréales du petit déjeuner. Le corps produit tout seul la vitamine D quand il est exposé au soleil, il est donc conseillé de profiter du soleil de temps en temps avec de la protection pour aider le corps à produire cette vitamine. Étape naturelle de la vie d’une femme, la ménopause mérite quelques attentions sur le plan nutritionnel à cause de la modification du statut hormonal. Beaucoup de femmes prennent du poids à la cinquantaine. Souvent tout simplement parce que leur mode de vie change, avec moins de dépenses physiques et plus de temps pour apprécier les plaisirs de la table ! Mais aussi parce que les transformations hormonales de la ménopause vont favoriser la mise en réserve de graisses. Le premier antidote contre ce risque de surpoids est une activité physique suffisante et, en complément, une alimentation allégée grâce à l’élimination des calories «inutiles». À éviter ou à consommer avec beaucoup de modération : les boissons sucrées comme les sodas, les bonbons, les biscuits salés ou sucrés, l’alcool sous toutes ses formes, les glaces et les pâtisseries, les plats riches en graisses, les frites et les fritures, les sauces classiques, la mayonnaise, les sauces barbecue et tous les laitages au lait entier. Les modifications hormonales et la diminution de l’activité physique ont également pour conséquence une “fonte” progressive de la masse musculaire. Pour lutter contre ce phénomène, il y a une seule solution : bouger !